La lluita per la independència

Durant el segle XVI, prossegueix este augment de població gràcies a la consolidació de les explotacions agràries. D'altra banda la monarquia de Felip II decideix reforçar la defensa de les costes mediterrànies contra els assalts a les poblacions de la pirateria barbaresca. En 1558 Joan Baptista Antonelli reforça les muralles de Guardamar, adaptant-les a les noves necessitats bèl·liques: s'esmotxen les torrasses i es reforcen els murs per tal que puguen resistir els atacs d'artilleria. A pesar d'això el poble va continuar sofrint els desembarcades i atacs de la pirateria.

La situació jurídica de Guardamar durant eixos segles era ambigua, ja que oficialment era una aldea d'Oriola, però de fet, el poble elegia les seues autoritats com si constituïren un municipi autònom, i com tal era tractat per la corona. Esta situació va durar fins a finals del segle XVII, quan es va recuperar l'antic títol de Vila Reial. En 1692, sota el regnat de l'últim rei de la Casa d'Àustria, Carles II, impulsor de la legislació foral dels seus regnes, Guardamar s'independitza de la jurisdicció d'Oriola i aconsegueix la plena autonomia municipal, després d'haver pledejat amb aquella ciutat, i del pagament d'una important suma a la Hisenda Reial. Amb això es recupera a més l'antic dret a tindre representant en les Corts Valencianes com a Vila Reial de Primera Categoria.

Els canvis del segle XVIII

En morir sense descendència directa Carles II, accedeix al tron dels regnes hispànics el francés Felip V, primer rei de la dinastia borbònica, i poc després esclata la Guerra de Successió, pel suport de nombroses ciutats i grups socials (els anomenats maulets), al pretendent de la casa d'Àustria, l'Arxiduc Carles, especialment en el Regne de València. Guardamar es va alinear amb els que van recolzar Felip V (els anomenats botiflers) i per això el poble va sofrir el saqueig a les mans dels austracistes, o partidaris de l'Arxiduc. Esta va ser una espècie de guerra civil encoberta, on es van manifestar vells conflictes interns no solucionats en la societat valenciana.

La guerra va acabar amb el triomf del rei Borbó, i la seua conseqüència immediata va ser la decisió del monarca d’una nova estructura política per a tots els pobles de la Corona d'Aragó: els anomenats Decrets de Nova Planta (1714). Dits Decrets significaven: l'abolició de tot el sistema legislatiu i polític valencià (els Furs de València, les Corts en què Guardamar havia guanyat feia poc el privilegi d'estar present, etc.), substituït per les lleis i règim polític de Castella; l'aplicació d'un sistema administratiu centralitzat i homogeni, controlat des de Madrid; el nomenament de funcionaris castellans; la repressió del valencià com a llengua de l'administració, de l'ensenyança i de la predicació. A pesar de tot això el municipi de Guardamar es veiè parcialment beneficiat gràcies al suport donat a Felip V.

Després de la guerra, el segle XVIII transcorre com una època de creixement de població, unit a l'augment de les zones cultivades en el terme. Les extenses pastures (el bovalar o actual zona del camp) que eren terres comunals (propietat comuna dels veïns) o de realenc (de la Corona), van passar, durant estos anys, a propietaris privats que van iniciar la rompuda i l'explotació agrària de la terra amb cultius de secà. En l'horta es va ampliar el regadiu, i s’hi cultivaven hortalisses i tarongers.

Es va realitzar a més un gran projecte durant estos anys que fou la dessecació de l'àmplia zona de marjal que ocupava tota l'actual zona nord de l'horta. Este projecte (anomenat les Pies Fundacions) consistia en la colonització del paratge mitjançant la conversió de les zones pantanoses en terres de cultiu, i fou dirigit pel bisbe de Múrcia-Cartagena, el cardenal Belluga. Este prelat proborbònic va fundar les noves poblacions de Sant Fulgencio, Dolores i San Felipe Neri amb gent procedent del seu bisbat, i va comprar per a això tretze mil tafulles del terme de Guardamar.

També durant estos anys se segrega del nostre terme l'aldea de Rojals, ja molt crescuda en població, que es constitueix en municipi independent.